NASCArrays Information at The BAR

Welcome to NASCArrays information at the BAR. This page hosts meta-information from the NASCArrays service (2002-2013). This information was parsed from text files available on the NASCArrays site. NASCArrays data is on iPlant server. To download experiment data from iPlant, please click on the experiment number. To download the CEL files, please click on the ftp link.

Title:AtGenExpress:Developmental series (leaves)
Description:AtGenExpress: A multinational coordinated effort to uncover the transcriptome of the multicellular model organism Arabidopsis thaliana.The activity of genes and their encoded products can be regulated in several ways, but transcription is the primary level, since all other modes of regulation (RNA splicing, RNA and protein stability, etc.) are dependent on a gene being transcribed in the first place. The importance of transcriptional regulation has been underscored by the recent flood of global expression analyses, which have confirmed that transcriptional co-regulation of genes that act together is the norm, not the exception. Moreover, many studies suggest that evolutionary change is driven in large part by modifications of transcriptional programs. An essential first step toward deciphering the transcriptional code is to determine the expression pattern of all genes. With this goal in mind, an international effort to develop a gene expression atlas of Arabidopsis has been underway since fall 2003. This project, dubbed AtGenExpress, is funded by the DFG, and will provide the Arabidopsis community with access to a large set of Affymetrix microarray data. As part of this collaboration, we have generated expression data from 80 biologicaly different samples in triplicate. The focus of this data set is on different tissues and different developmental stages in wild type Columbia (Col-0) and various mutants.
ftp Link:ftp Link

Slide Information:
Slide IDSlide NameGenetic BackgroundTissueStock CodeCel File
ATGE_10_A1141rosette leaf #4, 1cm long ATGE_10_A.CEL
ATGE_10_B1142rosette leaf #4, 1cm long ATGE_10_B.CEL
ATGE_10_C1143rosette leaf #4, 1cm long ATGE_10_C.CEL
ATGE_11_A1144rosette leaf #4, 1cm long ATGE_11_A.CEL
ATGE_11_B1145rosette leaf #4, 1cm long ATGE_11_B.CEL
ATGE_11_C1146rosette leaf #4, 1cm long ATGE_11_C.CEL
ATGE_12_A1147rosette leaf # 2 ATGE_12_A.CEL
ATGE_12_B1148rosette leaf # 2 ATGE_12_B.CEL
ATGE_12_C1149rosette leaf # 2 ATGE_12_C.CEL
ATGE_13_A1150rosette leaf # 4 ATGE_13_A.CEL
ATGE_13_B1151rosette leaf # 4 ATGE_13_B.CEL
ATGE_13_C1152rosette leaf # 4 ATGE_13_C.CEL
ATGE_14_A1153rosette leaf # 6 ATGE_14_A.CEL
ATGE_14_B1154rosette leaf # 6 ATGE_14_B.CEL
ATGE_14_C1155rosette leaf # 6 ATGE_14_C.CEL
ATGE_15_A1156rosette leaf # 8 ATGE_15_A.CEL
ATGE_15_B1157rosette leaf # 8 ATGE_15_B.CEL
ATGE_15_C1158rosette leaf # 8 ATGE_15_C.CEL
ATGE_16_A1159rosette leaf # 10 ATGE_16_A.CEL
ATGE_16_B1160rosette leaf # 10 ATGE_16_B.CEL
ATGE_16_C1161rosette leaf # 10 ATGE_16_C.CEL
ATGE_17_A1162rosette leaf # 12 ATGE_17_A.CEL
ATGE_17_B1163rosette leaf # 12 ATGE_17_B.CEL
ATGE_17_C1164rosette leaf # 12 ATGE_17_C.CEL
ATGE_18_A1165Col-0rosette leaf # 12 ATGE_18_A.CEL
ATGE_18_B1166Col-0rosette leaf # 12 ATGE_18_B.CEL
ATGE_18_C1167Col-0rosette leaf # 12 ATGE_18_C.CEL
ATGE_19_A1168leaf 7, petiol ATGE_19_A.CEL
ATGE_19_B1169leaf 7, petiol ATGE_19_B.CEL
ATGE_19_C1170leaf 7, petiol ATGE_19_C.CEL
ATGE_1_A1114cotyledons ATGE_1_A.CEL
ATGE_1_B1115cotyledons ATGE_1_B.CEL
ATGE_1_C1116cotyledons ATGE_1_C.CEL
ATGE_20_A1171leaf 7, proximal half ATGE_20_A.CEL
ATGE_20_B1172leaf 7, proximal half ATGE_20_B.CEL
ATGE_20_C1173leaf 7, proximal half ATGE_20_C.CEL
ATGE_21_A1174leaf 7, distal half ATGE_21_A.CEL
ATGE_21_B1175leaf 7, distal half ATGE_21_B.CEL
ATGE_21_C1176leaf 7, distal half ATGE_21_C.CEL
ATGE_25_A1186senescing leaves ATGE_25_A.CEL
ATGE_25_B1187senescing leaves ATGE_25_B.CEL
ATGE_25_C1188senescing leaves ATGE_25_C.CEL
ATGE_26_A1189cauline leaves ATGE_26_A.CEL
ATGE_26_B1190cauline leaves ATGE_26_B.CEL
ATGE_26_C1191cauline leaves ATGE_26_C.CEL
ATGE_5_A1126leaves 1 + 2 ATGE_5_A.CEL
ATGE_5_B1127leaves 1 + 2 ATGE_5_B.CEL
ATGE_5_C1128leaves 1 + 2 ATGE_5_C.CEL
ATGE_87_A1309veg rosette (for phase change) ATGE_87_A.CEL
ATGE_87_B1310veg rosette (for phase change) ATGE_87_B.CEL
ATGE_87_C1311veg rosette (for phase change) ATGE_87_C.CEL
ATGE_89_A1312veg rosette (for phase change) ATGE_89_A.CEL
ATGE_89_B1313veg rosette (for phase change) ATGE_89_B.CEL
ATGE_89_C1314veg rosette (for phase change) ATGE_89_C.CEL
ATGE_90_A1315veg rosette (for phase change) ATGE_90_A.CEL
ATGE_90_B1316veg rosette (for phase change) ATGE_90_B.CEL
ATGE_90_D1317veg rosette (for phase change) ATGE_90_D.CEL
ATGE_91_A1318leaf ATGE_91_A.CEL
ATGE_91_B1319leaf ATGE_91_B.CEL
ATGE_91_C1320leaf ATGE_91_C.CEL